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  民國85年之前,國立大學校院的營運費用來自教育部全額補助,經費剩餘和額外收入必須全數繳回國庫。但隨著政府財政日漸緊縮,也由於預算經費各自有其用途別項目,學校無法彈性運用經費,民國83年修訂大學法,明訂「大學應受學術自由之保障,並在法律規定範圍內,享有自治權」,於是教育部於85年度試辦,88年正式實施「校務基金」,期盼能夠因此賦予各大學「財務自主」,又紓解政府財政壓力。

  沒有校務基金以前,校園內軟硬體整修,除了教育部核定的項目之外,都必須對外募款。經費預算核定須經教育部與立法院審查。成立「校務基金」統籌學校所有收支後,若有需要校務基金便可運用作為資本門之財源,興修自償性工程及設備時,可經校務基金管理委員會委員同意動支「校務基金累計賸餘款」編列預算,例如近年新建的學生第二宿舍,便是由校務基金墊款興建,再於日後分期攤還,依附屬單位預算執行要點第4點第2項規定:「業權基金應本企業化經營原則,設法提高產銷營運(業務)量,增加收入,抑減成本費用,並積極研究發展及推行責任中心制度,改進產銷及管理技術,提高產品及服務品質,以提升經營績效,除較預算增加之政策性因素外,應達成年度法定預算盈餘(賸餘)目標。」及國立大學校院校務基金管理及監督辦法第23條第1項規定:「學校校務基金及各項自籌收入之執行,應以有賸餘或維持收支平衡為原則;如實際執行有短絀情形,學校應擬訂開源節流計畫,經管理委員會審議通過後執行。」教育部規定為真實反映國立大學校院營運績效報行政院98 年4 月14 日以院授主孝三字第0980002266 號函核定自99 年度起,依各校前一年度決算之「收支餘絀表」中,「總收入金額」減「總支出扣除學校最近5 年國庫撥款增置固定資產比率之折舊費用後淨額」,作為餘絀衡量之依據,學校應自籌部分經費,自籌財源之多寡,將影響學校未來發展,除了課責學校財務經營外學校自籌經費成果透明化,對自籌經費或累積結餘學校會是鼓勵及榮譽。

  104年間,政府為健全國立大學財務會計及稽核制度(明定應設置校務基金兼任稽核人員)、提高校務基金使用彈性及重視校長績效責任、配合學校實務運作精簡國有財產投資的處理流程、已放寬基金運用範圍並強化大學自主能力,進而提升並評估各校校務經營預算執行績效,以達校務基金永續經營之目標,並修正國立大學校院校務基金設置條例及國立大學校院校務基金管理及監督辦法。